в ае есть возможность выбрать нужный формат для рендеринга
http://s014.radikal.ru/i328/1512/eb/4d73bdcabf61t.jpg
я сделал в JPG и PNG. они очень похожи, но у меня свои тонкости по работе. потом если какой то кадр оказывается с ошибкой или надо поправить текст, эффект - что угодно - я просто удаляю ненужные кадры из последовательности, а при просчете указываю "пропустить существующие кадры"
http://i072.radikal.ru/1512/2c/2b2147ad1e8dt.jpg
кстати, это же нужно сделать если считают несколько компьютеров один проект.