в ае есть возможность выбрать нужный формат для рендеринга
я сделал в JPG и PNG. они очень похожи, но у меня свои тонкости по работе. потом если какой то кадр оказывается с ошибкой или надо поправить текст, эффект - что угодно - я просто удаляю ненужные кадры из последовательности, а при просчете указываю "пропустить существующие кадры"
кстати, это же нужно сделать если считают несколько компьютеров один проект.