просто другая идеология. shake\nuke\fusion более композеры, в них делается обычно одна сцена из готовых слоев из 3д или видео, потом перекидывается в монтажки, ае\motion больше системы создания эффектов. в них частенько делается работа полностью от и до. ноды позволяют мгновенно посмотреть изменения от данного эффекта на слое, в ае прийдется подождать пока посчитается кадр или возиться с группами слоев, включать\выключать все остальные слои и эффекты. хотя однажды мы на спор сделали один и тот же ролик в ае и fusion. болельщики не заметили особой разницы. поэтому если выбирать в чем начинать работать вместо ае - nuke отличный выбор. под него портированы почти все те же эффекты.