Это можно делать не на глазок. Такие фокусы при авторинге делаются смещением в плейлисте ин-тайма. Смотрим в бдэдит-е Presentation Start Time вашего .м2тс (CLIPINF > present. st), отнимаем его от ин-тайма в плейлисте (PLAYLIST > IN time) и полученное значение используем как начальная точка в сплитере тсмуксера.