Разбирать нормально ffmpeg умеет, eac3to не умеет (правильно), автор не может никак обновить библиотеки libav; и исходники свой программы тоже не хочет выкладывать. Допатчил своими костылями библиотеки. Собирать лучше в сьюте от Долби, в доступной в сети версии есть возможность кодирования в DD+.