не думаю, что это какая-то ошибка. Мыслю так: скорее всего, pgcDemux показывает длительность "цепочки" воспроизведения. Но одно дело показать цифирьки, прописанные в проге, другое дело выдернуть из набора VOB-ов соответствующий кусок видео и звука. Да и фиг с ними, этими секундами.
Я вот, не понимаю, почему вы решили, что будет рассинхрон? Собрал в ТСмюксере две серии, ничего никуда не "убежало".