Ну, у меня ничего не пишет и рассинхрон прогрессирующий (20 мс это почти не заметно, тут куда более). Кстати второй tsMuxer склеивал пустой файл, пришлось использовать первый.
Я бы, в том же Xmedia Recode, перегнал бы во что-нибудь более удобоваримое и смонтировал как мне нужно. Но это уж на ваше усмотрение.
Ещё вариант попробуйте DelayCut.