Ну, у меня ничего не пишет и рассинхрон прогрессирующий (20 мс это почти не заметно, тут куда более). Кстати второй tsMuxer склеивал пустой файл, пришлось использовать первый.
Я бы, в том же Xmedia Recode, перегнал бы во что-нибудь более удобоваримое и смонтировал как мне нужно. Но это уж на ваше усмотрение.
Ещё вариант попробуйте DelayCut.


Посмотрите в сторону такого инструмента как FRIMSource. Отпадет необходимость в использовании MVC to AVI Converter.. Это вам сэкономит время и ресурсы ваших дисков.. В моем случае, я использую Avisynth + FRIMSource + TotalCode Professional + tsMuxeR. (TotalCode Professional использую взамен CINEMACRAFT HDe MVC, он у меня валится с ошибкой). Если заинтересует, могу описать, как импортировать(косвенно) скрипт Avisynth в CINEMACRAFT HDe MVC..