Не, не 4 и не 14! а 21! Говорю же, давно уже не работал в программе, вот и не помню уже ни чего!
Вон что нарыл на рутрекере.
В общем из того обсуждения я понял одно, если извлекать потоки eac3to а собирать tsmuxer'ом то вроде всё нормально должно работать.